Der Islam
Im Jahr 639 begann mit der arabischen Invasion unter Amr ibn al-As nicht nur die Islamisierung Ägyptens, sondern auch die Epoche des Mittelalters, die erst mit Napoleons Einfall im Jahre 1798 beendet wurde.
Zunächst änderte sich wenig unter der Herrschaft der arabischen Kalifen: Das byzantinische Verwaltungs- und Steuersystem wurde beibehalten, die koptischen Christen konnten ihre Positionen im Staat behalten. Die islamische Religion blieb zunächst Angelegenheit der herrschenden Elite. Sie begründeten mit Fustat ein neues Machtzentrum am Nildelta, das bis ins 14. Jahrhundert mit dem etablierten Alexandria konkurrieren konnte.
Im 9. Jahrhundert verlor die seinerzeit regierende Abbasiden-Dynastie zunehmend die Kontrolle über seine Provinzen. Ibn Ṭūlūn und dessen Sohn Khumārawayh verfolgten zunehmend eine eigenständige Politik. Die Ermordung Khumārawayhs sollte das seinerzeit aufstrebende Ägypten in Anarchie und Unruhen stürzen. Erst mit der Herrschaft des Fatimiden-Kaliphat (969-1171) wurde Ägypten wieder zu einem bedeutendem Machtzentrum der islamischen Welt. Als neue Residenzstadt wurde Kairo gegründet. Unter den Fatimiden wurde der schiitische Islam durch Gründung von religiösen Schulen und Missionieren der Bevölkerung massiv unterstützt. Mit der Gründung der al-Azhar-Lehranstalt wurde Ägypten ein Zentrum des religiösen und intellektuellen Lebens der arabischen Welt, das von überall her Schüler wie Lehrer anzog.
Mit der Eroberung 1171 durch Saladin fiel Ägypten zurück in den Machtbereich der Abbasidendynastie und der sunnitische Glaube wurde wieder offizielle Religion. Ihre Zeit sollte durch die Mamluken (1260-1517) beendet werden, ehemals türkischen Sklaven, zum Soldatendienst ausgebildet, die nun stark genug geworden waren, um einen aus ihren Reihen zum Herrscher zu bestimmen. Als eigentlicher Gründer des Mamlukenreiches gilt Baibars I., der sich im Jahr 1260 erfolgreich dem heranziehendem Mongolenherr entgegenstellte und die letzten Kreuzzügen in Palästina und Syrien abwehren konnte.
1517 wurden die Mamluken von den Ottomanen besiegt. Nichtsdestotrotz konnten sich die Eliten der Mamluken in die neue Verwaltungsstruktur integrieren und davon profitieren, dass das ottomanische Herrschaftshaus vor allem an einem wirtschaftlich und politisch stabilem Land interessiert war, von dem sie in die umliegenden Regionen expandieren konnten. Im Jahr 1786 schüttelten die Mamluken die lästige Oberherrschaft ab, wenngleich ihre Zeit mit der Invasion von Napoleon kurz darauf zu Ende gehen sollte.
